Struktur Organisasi Dinas Perhubungan Komunikasi dan Informatika terdiri dari:

a. Kepala Dinas

b. Sekretaris terdiri dari:

1. Sub Bagian Perencanaan dan Pelaporan

2. Sub Bagian Keuangan

3. Sub Bagian Kepegawaian dan Umum

c. Bidang Perhubungan Darat terdiri dari:

1. Seksi Lalu Lintas Angkutan Darat dan Penyeberangan

2. Seksi Perparkiran

3. Seksi Prasarana

d. Bidang Perhubungan Laut dan Udara terdiri dari:

1. Seksi Perhubungan Laut

2. Seksi Perhubungan Udara

3. Seksi Prasarana

e. Bidang Komunikasi dan Informatika terdiri dari:

1. Seksi Pos dan Telekomunikasi

2. Seksi Sarana Komunikasi dan Diseminasi Informasi

3. Seksi Aplikasi dan Telematika

f. Unit Pelaksana Teknis Dinas (UPTD)

g. Kelompok Jabatan Fungsional